Aux abords du Kilimandjaro, le « Berceau de la Vie » abrite le plus mystérieux et le plus terrifiant des fléaux : la Boîte de Pandore, dont les germes pourraient en quelques heures anéantir l'Humanité. Au moment où Lara Croft, l'archéologue de charme, s'apprête à prendre possession de l'orbe contenant les coordonnées de ce trésor, un commando chinois fait irruption dans le temple sous-marin et s'en empare. Sauvée de la mort par ses fidèles assistants Bryce et Hillary, l'aventurière regagne son manoir, où elle reçoit bientôt la visite de deux émissaires du MI 6. Elle apprend ainsi que le commanditaire des tueurs et de leur chef Chen Lo n'est autre que le Dr Jonathan Reiss, un mégalomane cynique, soupçonné de fournir des armes biologiques high-tech aux plus offrants…